科研人员完成新版树鼩基因组测序 填补首版约73%拼装缺口

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中国昆明8月21日电(记者胡元航)记者21日从中国科学院昆明动物研究所获悉,该研究所的研究人员最近完成了新版本的高精度测序,装配和注释。树sh基因组。在第一版基因组中,新的树sh基因组填充了大约73%的装配间隙。

据报道,树sh是一种实验大鼠的大型哺乳动物,是灵长类动物的近亲,在生物医学研究方面具有很大的潜力。目前,树sh已被用于创建传染病的模型,例如乙型肝炎,丙型肝炎,疱疹病毒感染和禽流感病毒感染。在视觉系统研究,近视模型和一些肿瘤模型构建中,它显示出非常好的前景。

2013年,中国科学院昆明动物研究所姚永刚领导的研究小组为了解决基因组学等遗传信息缺乏的问题,当树sh被用于创建疾病动物模型时,中国科学院昆明动物研究所的姚永刚领导了该研究小组。中国科学院动物模型与人类疾病重点实验室。通过第二代测序技术测定的中国树sh全基因组大基因,更全面地获得了树sh的遗传特征,证实了树sh与灵长类动物的亲缘关系。基于该版本的树基因组数据,姚永刚的研究团队建立了第一个树基因组数据库,以实现树基因组数据的自由访问和共享。然而,由于技术限制,例如第二代测序阅读长度太短,树sh基因组的第一版中存在一些问题。

最近,姚永刚研究小组的范宇博士利用单分子实时测序技术结合高通量染色质构象捕获技术对序列数据进行了序列化,并完成了新版本的高精度测序,装配和注释。树sh基因组。这个版本的树sh基因组填充了基因组第一版中大约73%的装配间隙(163,220),并且基因编码区中的空位都被填满。此外,在新版树sh基因组中,蛋白质编码基因的数量和序列长度显着高于第一版基因组的数量和序列长度,并且基因结构的准确性也显着增加。

基于第二版基因组信息,Fan Yu等完成了基因组重复序列的分析,发现超过120个长转座子和超过400个包含短重复序列(长度小于150 bp)和长重复序列(大于5个) kb长度)。卫星区。对LINE1的分析发现,树sh基因组中的LINE1占基因组的18.54%,这一基因组的比例与人类相似。与包括人类,猕猴和小鼠在内的基因组结构变异相比,发现与人类相比,树sh基因组中有221个结构突变,猕猴基因组中有188个结构突变,小鼠基因组中有许多结构变异。有趣的是,一些结构变异,例如位于MYSM1基因和SLC35D1基因之间的变异,仅发生在树sh和灵长类动物中,与小鼠树sh相比,这种结果也通过结构变异来说明。基因组学与灵长类动物的相似性更高。

据报道,为了更好地显示最新版本的树基因组信息,研究小组将添加或更新新版基因组数据,注释信息,群体遗传参数,预测基因共表达网络等。第二版树基因组数据库。这些用户友好的数据库构建和更新将为树鲤动物模型的研究提供相关的基础数据,并有望继续受益于树木研究领域。

上述研究工作名为“中国树sh基因组的染色体水平组装和群体测序”,并发表在动物学领域的SCI期刊《Zoological Research》上。该研究工作由国家自然科学基金,中国科学院和云南省资助。 (完)